Protein M berperan dalam mengenalkan virus pada tubuh dan membentuk envelope. Protein E berperan dalam proliferasi, pembentukan envelope, dan penyebaran virus. Protein N memiliki peran dalam peningkatan transkripsi dan pembentukan virus. Protein S adalah bagian yang berperan dalam pengikatan virus pada sel inang dan merupakan bagian terpenting dalam proses infeksi. Oleh sebab itu, target terapi pada pasien COVID-19 adalah pada protein S.[9]

SARS-CoV-2 termasuk dalam kategori betaCoV dan 96,2% sekuens genom SARS-CoV-2 identikal dengan bat CoV RaTG13. Oleh sebab itu, kelelawar dicurigai merupakan inang asal dari virus SARS-CoV-2.  Virus ini memiliki diameter sebesar 60‒140 nm dan dapat secara efektif diinaktivasi dengan larutan lipid, seperti ether (75%), ethanol, desinfektan yang mengandung klorin, asam peroksiasetat, dan kloroform.[1-3,10]

SARS-CoV-2 juga ditemukan dapat hidup pada aerosol selama 3 jam. Pada permukaan solid, SARS-CoV-2 ditemukan lebih stabil dan dapat hidup pada plastik dan besi stainless selama 72 jam, pada tembaga selama 48 jam, dan pada karton selama 24 jam.[1-3,10]

Varian Virus SARS-CoV-2

Sejumlah varian baru virus SARS-CoV-2 telah ditemukan, di mana WHO mengkategorikan ke dalam variant of interest (VOI) dan variant of concern (VOC). Kriteria VOI adalah varian yang telah teridentifikasi menyebabkan transmisi dalam lingkup komunitas atau terdeteksi pada beberapa negara. Sedangkan kriteria VOC adalah kriteria VOI ditambah terbukti menyebabkan perubahan pada kemampuan transmisi, virulensi, dan gejala. VOC juga terbukti mengubah efektifitas dari upaya pengendalian penyakit, termasuk pemeriksaan diagnostik dan tata laksana.[9,11,65]

WHO memutuskan untuk penyebutan varian berdasarkan alfabet Yunani agar mudah diucapkan. Beberapa varian yang telah ditemukan adalah sebagai berikut, B.1.1.7 (Alfa), B.1.526, B.1.351 (Beta), B.1.28.1 (Gamma), B.1.617.2 (Delta), dan yang terbaru pada tahun 2022 adalah B.1.1.529 (Omicron). Umumnya, varian-varian ini terjadi mutasi pada protein S yang menyebabkan perubahan sifat virus dan patogenesis. Seiring dengan penemuan varian baru maka semakin sulit untuk mengontrol pandemi COVID-19.[9]

Adapun turunan baru dari varian Omicron yaitu BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, dan BA.5 sudah diidentifikasi dan termasuk dalam VOC.[9]

Transmisi Virus SARS-CoV-2

Kasus COVID-19 pertama kali ditemukan di pasar basah di Kota Wuhan yang menjual binatang hidup eksotis. Oleh sebab itu, transmisi binatang ke manusia merupakan mekanisme yang paling memungkinkan. Berdasarkan hasil genom SARS-CoV-2, kelelawar dipercayai menjadi inang asal. Akan tetapi, inang perantara karier dari virus ini masih belum diketahui secara pasti.[1,2,11]

Transmisi Droplet dan Airborne

Transmisi antara manusia ke manusia dapat terjadi melalui penyebaran droplet dan airborne yang dapat terjadi saat individu yang terinfeksi batuk atau bersin mengenai individu sehat pada jarak hampir 2 meter. Droplet atau airborne yang hinggap pada mulut atau hidung dapat terinhalasi ke paru-paru dan menyebabkan infeksi. Droplet besar umumnya langsung jatuh dalam hitungan detik atau menit. Namun, droplet kecil dan partikel aerosol dapat berada pada udara dalam hitungan menit sampai jam.

Kontak pada barang yang sudah disentuh oleh pasien COVID-19, yang diikuti dengan sentuhan pada mulut, hidung, atau mata tanpa mencuci tangan terlebih dahulu juga dapat menjadi salah satu transmisi penyebaran virus, akan tetapi rute ini bukan transmisi utama penyebaran virus.[1,2,10,11]

Transmisi Vertikal Ibu Hamil

Transmisi ibu hamil ke janin secara intrauterine atau saat lahir pervaginam sampai sekarang belum diketahui secara pasti.[11-13]

Faktor Risiko

Faktor risiko terinfeksi COVID-19 sampai sekarang belum diketahui secara menyeluruh. Faktor risiko yang telah diketahui terutama adalah:

• Riwayat bepergian ke area yang terjangkit COVID-19
• Kontak langsung dengan pasien terkonfirmasi COVID-19 [10]

Beberapa faktor risiko yang mungkin dapat meningkatkan risiko mortalitas pada pasien COVID-19, antara lain:

• Usia >50 tahun, wanita hamil
• Pasien imunokompromais seperti HIV, keganasan seperti kanker paru

• Hipertensi, diabetes mellitus, penyakit paru obstruktif kronis

• Penyakit kardiovaskular seperti gagal jantung

• Disfungsi koagulasi dan organ
• Skor sequential organ failure assessment (SOFA) yang tinggi
• Neutrofilia, D-dimer >1 µg/L [14-16]