Pada penggunaan jangka panjang, obat golongan penghambat pompa proton seperti omeprazole dapat menyebabkan defisiensi vitamin B12 dan zat besi akibat malabsorpsi kedua saat tersebut. Penggunaan omeprazole juga berhubungan dengan terjadinya polip gaster beningna. Walau demikian, polip ini tidak berbahaya dan akan hilang dengan sendirinya saat obat dihentikan.

Penggunaan omeprazole juga dapat menyebabkan efek seperti kanker lambung (masking gastric cancers) melalui proses induksi hipergastrinemia moderat, hiperplasia sel enterokromafin, serta gastritis atrofik. Penelitian terbaru menemukan bahwa penggunaan penghambat pompa proton secara jangka panjang berhubungan dengan peningkatan risiko kanker, baik kanker lambung, esofagus, maupun pankreas.

Terdapat juga efek samping yang masih kontroversial yaitu osteoporosis sekunder terinduksi obat yang menyebabkan peningkatan risiko fraktur tulang. Risiko ini diduga terjadi pada orang yang mengonsumsi obat dalam jangka panjang dengan dosis tinggi dan usia di atas 50 tahun. Walau demikian, masih diperlukan penelitian lebih lanjut untuk membuktikan efek samping ini.

Omeprazole juga dapat menyebabkan reaksi alergi dengan gejala berupa urtikaria, sesak napas, dan edema pada wajah, bibir, lidah, atau tenggorokan. Omeprazole juga dapat menyebabkan overdosis tetapi hal ini sangat jarang terjadi karena dibutuhkan 120 kali dosis normal penggunaan untuk menyebabkan overdosis.[4, 9, 15-18]

Interaksi Obat

Interaksi obat omeprazole adalah sebagai berikut:

Menurunkan Konsentrasi Omeprazole

Penggunaan obat rifampisin atau suplemen Ginkgo biloba dapat menyebabkan penurunan konsentrasi omeprazole dalam darah.[9,19]

Menurunkan Konsentrasi Obat Lain

Penggunaan omeprazole bersama dengan clopidogrel akan menurunkan efektivitas clopidogrel.[9,20,21]

Penurunan Absorpsi Obat Lain

Berikut adalah obat yang membutuhkan lingkungan asam dalam lambung untuk efektifitas proses absorpsinya:

• Ketoconazole
• Ampisilin ester
• Zat besi berkomponen garam
• Erlotinib
• Antiretroviral therapy (ART) seperti atazanavir, nelfinavir, saquinavir

Peningkatan Absorpsi Obat Lain

Terdapat juga obat yang absorpsinya justru meningkat karena perubahan lingkungan lambung menjadi alkali:

• Eritromisin
• Digoxin[9]

Peningkatan Konsentrasi Obat

Obat-obat berikut ini meningkat konsentrasinya jika dikonsumsi bersama dengan omeprazole:

• Benzodiazepines
• Escitalopram
• Warfarin
• Oxycodone
• Tramadol
• Oxymorphone
• Metotreksat
• Tacrolimus