Spirometri merupakan prosedur yang dapat menyebabkan terjadinya peningkatan tekanan intrakranial, intratorakal, dan intraabdomen; sehingga komplikasi spirometri berkaitan dengan hal-hal tersebut. Namun, hal ini dapat diminimalisir dengan melakukan screening kontraindikasi pada pasien yang akan menjalankan prosedur spirometri.

Pemeriksaan spirometri tidak menimbulkan nyeri, namun pada beberapa orang akan mengalami pusing setelah melakukan tes ini. Komplikasi lain yang dapat terjadi pada pemeriksaan spirometri adalah sebagai berikut:

• Cataract detachment pada pasien post operasi katarak

• Ruptur aneurisma aorta, terutama aneurisma yang berukuran besar (> 6 cm)
• Ruptur membran timpani atau nyeri telinga pada pasien post operasi telinga dan infeksi telinga
• Pada ibu yang sedang hamil, pemeriksaan spirometri dapat meningkatkan risiko preeklampsia, persalinan prematur, dan penyakit saluran napas bagi ibu dan fetus. Pemeriksaan spirometri pada ibu hamil yang normal sebenarnya tidak terlalu dianjurkan, karena pada kehamilan normal seharusnya fungsi paru tidak mengalami gangguan
• Nyeri pleuritik dan sesak pada pasien post drainase efusi pleura

• Pada pasien hemoptisis, manuver spirometri dapat menyebabkan perdarahan bertambah parah dan berisiko aspirasi pada lobus yang tidak mengalami perdarahan
• Pemeriksaan spirometri yang terlalu cepat pada pasien dengan riwayat infark miokard dapat menyebabkan infark bertambah parah atau kematian
• Pada pasien dengan hipertensi tidak terkontrol, pemeriksaan spirometri dapat berisiko menyebabkan kerusakan pembuluh darah, memicu angina, dan memicu transient ischaemic attack, stroke, kejang, ataupun ensefalopati. Pasien yang baru memulai terapi antihipertensi dapat mengalami pusing atau sinkop pada saat melakukan manuver spirometri
• Pada pasien pneumothorax, pemeriksaan spirometri meningkatkan risiko terjadinya kolaps paru dan nyeri dada[9]