Pengawasan klinis perlu dilakukan pada pasien yang menerima terapi lansoprazole jangka panjang. Hipomagnesemia dapat terjadi dan mungkin menyebabkan tetanus, aritmia, dan kejang, terutama jika pasien juga mengonsumsi obat lain yang menurunkan kadar magnesium seperti digoxin. Periksa konsentrasi magnesium serum dan hentikan lansoprazole jika ada hipomagnesemia.[6]

Studi observasional menyatakan bahwa penggunaan proton pump inhibitor (PPI) dalam jangka panjang, terutama yang melebihi 1 tahun, dapat berkaitan dengan risiko fraktur akibat osteoporosis. Oleh karena itu, setiap pasien harus menerima terapi dengan dosis efektif terkecil dan durasi sesingkat mungkin.[6]

Studi lain juga menunjukkan bahwa penggunaan PPI dalam jangka panjang berkaitan dengan peningkatan risiko kanker esofagus, lambung, dan pankreas.