Patofisiologi skrofuloderma berawal dari infeksi Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Mtb ditularkan melalui rute saluran pernapasan, yakni melalui inhalasi dari aerosol yang berukuran kecil. Setelah sampai dan menginfeksi paru, Mtb akan menyebar melalui sistem limfatik dan hematologi. Hal ini karena kemampuan Mtb untuk bertahan dan berproliferasi di dalam fagosit mononuklear.

Penyebaran Mtb ini akan menyebabkan infeksi tuberkulosis ekstrapulmoner atau ekstra paru, seperti kelenjar getah bening, kulit, sumsum tulang belakang, hati, limpa, ginjal, tulang hingga otak. Skrofuloderma merupakan hasil infeksi pada lapisan kulit yang berdekatan dengan fokus tuberkulosis.[5]