Kontraindikasi sistoskopi atau cystoscopy adalah pasien demam dengan bukti infeksi saluran kemih akut dan pasien dengan koagulopati yang parah. Alasan infeksi saluran kemih akut menjadi kontraindikasi adalah karena sistoskopi dapat menyebabkan sepsis dari sumber urinaria pada pasien ini.[1,2,5]

Untuk menghindari pasien dengan infeksi saluran kemih akut, lakukan urinalisis sekitar 5–7 hari sebelum sistoskopi. Bila terbukti ada infeksi, pasien perlu diterapi sebelum prosedur. Studi terbaru juga menunjukkan bahwa selain urinalisis, ada atau tidaknya gejala juga menjadi pertimbangan yang penting. Studi terbaru tersebut menunjukkan bahwa pada pasien yang hasil urinalisisnya mengarah ke infeksi tetapi asimtomatik, risiko sepsis akibat sistoskopi sebenarnya amat rendah.[2,6]

Pada prosedur sistoskopi fleksibel dalam setting rawat jalan, kontraindikasi juga bisa mencakup intoleransi pasien terhadap rasa nyeri dan ketidaknyamanan prosedur. Bila hal ini terjadi, maka prosedur mungkin perlu dilakukan di ruang operasi dengan anestesi general. Pada kasus tertentu, striktur uretra juga menyebabkan sistoskop tidak bisa lewat, sehingga tidak bisa dilakukan.[2,3,5]