Obat azathioprine termasuk dalam kategori D yakni sudah ada bukti positif mengenai risiko terhadap janin manusia. Pemberian azathioprine hanya dilakukan pada ibu hamil ketika memang sangat dibutuhkan dan tidak ada alternatif obat lainnya. Pemberian azathioprine pada ibu hamil untuk rheumatoid artritis sangat tidak dianjurkan.[6]

Azathioprine bersifat teratogenik pada kelinci pada pemberian dosis terapeutik pada manusia. Abnormalitas yang terjadi termasuk malformasi tulang dan organ viseral.

Pada bayi baru lahir dari ibu yang mendapatkan terapi azathioprine sebagai imunosupresan pasca transplantasi ginjal ditemukan abnormalitas imunologi. Dilaporkan 13 kasus dengan limfopenia, penurunan kadar IgG dan IgM, infeksi CMV dan penurunan timus. Laporan kasus lain didapatkan bahwa pansitopenia dan imunodefisiensi berat pada neonatus preterm.

Terdapat 1 laporan kasus (Tallent, et al.) yang melaporkan terjadinya mielomeningokel berat di region lumbar atas, dislokasi panggul bilateral dan talipes equinovarus bilateral pada bayi yang ayahnya mendapatkan terapi azathioprine jangka panjang

Wanita dalam usia reproduksi yang mengkonsumsi azathioprine disarankan untuk tidak hamil.

Penggunaan pada Ibu Menyusui

Walaupun tidak ditemukan efek samping jangka pendek seperti infeksi pada bayi menyusui yang ibunya mengonsumsi azathioprine, efek jangka panjang belum dapat dipastikan. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa konsumsi azathioprine pada ibu menyusui tidak memiliki efek pada bayi, namun, hal ini masih menjadi kontroversi. Dibutuhkan pendekatan interdisplin dan monitoring ketat pada bayi menyusui yang ibunya mengonsumsi azathioprine.[8]