Pasien dengan penggunaan azathioprine jangka panjang harus melakukan pengawasan klinis berupa pemeriksaan darah periodik.[2] Pemeriksaan darah lengkap, termasuk pemeriksaan trombosit sangat disarankan dilakukan setiap minggu selama pemakaian bulan pertama dan setiap 2 minggu sekali pada pemakaian bulan kedua dan ketiga.[5]

Pada pasien dengan leukopenia berat, atau leukopenia menetap atau tanda supresi sumsum tulang lainnya, dipikirkan untuk mengurangi dosis atau menghentikan penggunaan obat sementara.[5] Pada pasien dengan leukopenia menetap dapat dipikirkan pemeriksaan genotip enzim thiopurine S-methyltransferase (TPMT).

Pasien juga harus diinformasikan untuk menghubungi dokter bila terdapat tanda-tanda perdarahan oleh sebab yang tidak dapat dijelaskan.[5]