Kontraindikasi mutlak azathioprine adalah pada pasien yang mengalami hipersensitivitas terhadap obat ini. Azathioprine juga dikontraindikasikan pada pasien rheumatoid arthritis yang sedang ditereapi dengan agen alkilasi karena meningkatkan risiko keganasan.[6]

Peringatan

Penggunaan azathioprine jangka panjang dapat meningkatkan risiko keganasan, mutasi genetik dan toksisitas hematologi baik pada pria dan wanita. Didokumentasikan terjadi keganasan berupa limfoma post transplantasi dan hepatosplenic T-cell lymphoma (HSTCL) pada penggunaan azathioprine atas indikasi inflammatory bowel disease (IBD). Peresepan azathioprine harus dalam pengawasan dokter yang paham akan kemungkinan terjadinya keganasan.

Pasien juga harus mendapatkan informasi mengenai kemungkinan terjadinya keganasan pada penggunaan azathioprine. Sarankan pasien untuk menggunakan tabir surya dan menghindari pajanan sinar matahari dalam waktu lama guna mencegah terjadinya kanker kulit. Pasien juga harus diedukasi untuk melakukan pemeriksaan kulit ke dokter secara berkala.

Risiko mielotoksisitas dapat terjadi pada pasien dengan aktivitas enzim thiopurine S-methyltransferase (TPMT) yang sedang. Pada aktivitas TMPT yang sangat rendah akibat polimorfisme genetik menyebabkan kondisi mielotoksisitas yang sangat parah, bahkan mengancam nyawa.[6]