Urinalisis umumnya tindakan non invasif dan tidak memiliki kontraindikasi absolut maupun. Namun pada kasus di mana sampel urine tidak dapat diperoleh melalui diuresis langsung, tindakan invasif yang dilakukan untuk memperoleh sampel urine (pemasangan kateter uretra atau aspirasi suprapubik) memiliki kontraindikasi yang perlu diperhatikan.[4]

Kontraindikasi relatif berupa wanita yang sedang menstruasi karena dapat menimbulkan bias hasil hematuria dan pasien yang baru menjalani pemeriksaan radiokontras dalam 24 jam terakhir karena dapat menimbulkan proteinuria positif palsu. Kedua kelompok pasien tersebut disarankan untuk menunda pemeriksaan terlebih dahulu.[2,3]