Pengawasan klinis selama penggunaan chlorhexidine perlu mencakup monitoring efek samping, seperti reaksi alergi, anafilaksis, gangguan persepsi rasa, parotitis, dan juga staining pada gigi. Penggunaan dalam jangka waktu yang lama dapat menyebabkan perubahan warna pada gigi, bagian dorsal lidah, dan permukaan mulut lainnya.

Reaksi alergi yang berat pernah dilaporkan. Pasien mungkin saja mengalami anafilaksis yang ditandai dengan urtikaria, ruam parah, sesak napas, wheezing, edema wajah, hipotensi, hingga syok. Dokter perlu memperhatikan tanda-tanda alergi setelah pasien diberikan chlorhexidine.[10,11]