Irigasi nasal umumnya tidak memiliki komplikasi yang signifikan. Contoh komplikasi yang mungkin timbul adalah rasa tidak nyaman, telinga terasa penuh, otalgia, mukosa nasal terasa perih, iritasi nasal, dan epistaksis. Efek samping tersebut lebih umum terjadi pada penggunaan larutan irigasi dengan volume besar dan dapat diperbaiki dengan penyesuaian teknik dan larutan salin yang diberikan.[1,2]

Komplikasi serius yang sangat jarang terjadi tetapi dapat berakibat fatal adalah granulomatous amoebic encephalitis (GAE) akibat infeksi amoeba Balamuthia mandrillaris. Risiko infeksi dapat terjadi apabila larutan yang digunakan tidak steril dan alat-alat yang digunakan tidak dibersihkan dengan benar setelah digunakan.[4,12,18]

Pada tahun 2018, dilaporkan kasus kematian seorang wanita berusia 69 tahun dengan riwayat kanker payudara dan infeksi sinus kronik yang menjalani prosedur irigasi nasal menggunakan air keran dengan filter Brita Water Purifier selama 1 bulan. Pasien ini lalu  mengalami onset baru kejang fokal dan cerebral ring-enhancing lesion dengan hasil histopatologi infeksi Balamuthia mandrillaris di otak dengan tingkat mortalitas mendekati 100%.[18]