Komplikasi pemeriksaan bakteri tahan asam atau BTA dapat dialami oleh pasien saat melakukan pemeriksaan. Komplikasi ini tergantung dari cara pengambilan sputum. Penggunaan alat bronkoskopi dapat menyebabkan iritasi dan striktur pada saluran pernapasan.

Pada prosedur pemeriksaan BTA dengan metode batuk spontan atau dengan induksi batuk biasanya tidak ada efek samping berbahaya yang timbul. Namun, apabila pasien terlalu kuat batuk saat mengeluarkan dahak mungkin akan terjadi iritasi di bagian tenggorokan pasien.[4]

Sedangkan apabila pengumpulan spesimen dahak dilakukan dengan prosedur bronkoskopi atau gastric aspiration, maka kemungkinan komplikasi yang timbul adalah iritasi di sepanjang saluran pernapasan yang dimasukkan selang bronkoskopi atau selang gastric aspiration. Biasanya pasien akan mengeluhkan nyeri di hidung, atau tenggorokannya atau rasa terbakar, nyeri saat menelan, keluar darah saat batuk atau meludah atau rasa perih di tenggorokan saat pasien batuk.[4] Salah satu komplikasi berat pengambilan dahak dengan bronkoskopi pada pasien terintubasi adalah perdarahan di paru hingga pneumothorax.[8]