Dasar patofisiologi kehamilan ektopik adalah adanya gangguan proses fisiologis organ reproduksi wanita, sehingga hasil konsepsi mengalami implantasi dan maturasi di luar rongga uterus. Kontraksi otot polos dan denyut siliaris pada tuba falopi berguna sebagai media transportasi oosit dan embrio. Kerusakan tuba falopi, misalnya akibat inflamasi, menyebabkan disfungsi tuba sehingga terjadi retensi oosit atau embrio.

Ada beberapa faktor lokal seperti toksin, infeksi, gangguan imunologi, dan gangguan hormonal yang mungkin menyebabkan inflamasi. Setelah kerusakan tuba, terjadi peningkatan regulasi sitokin proinflamasi yang kemudian mendorong implantasi embrio, invasi, dan angiogenesis dalam tuba falopi.

Infeksi Chlamydia trachomatis menyebabkan produksi interleukin 1 (IL-1) oleh sel epitel tuba. Hal ini juga menjadi indikator penting implantasi embrio dalam endometrium. IL-1 juga memiliki peran dalam perekrutan neutrofil, yang selanjutnya akan berkontribusi pada kerusakan tuba falopi. Frekuensi denyut silia juga dipengaruhi secara negatif oleh kebiasaan merokok dan infeksi. Selain itu, variasi hormonal sepanjang siklus haid juga telah menunjukkan efek pada frekuensi denyut silia.[4]