Pengawasan klinis yang harus dilakukan pada saat pemberian mefloquine adalah terkait efikasi terapi dan efek samping pada penggunaanya sebagai antimalaria.

Gejala neurologi seperti vertigo, tinitus, dan gangguan keseimbangan dilaporkan terjadi pada pasien yang mendapat mefloquine. Efek samping ini dapat terjadi di awal pemberian mefloquine dan pada beberapa kasus dilaporkan berlanjut hingga beberapa bulan setelah mefloquine dihentikan. Untuk indikasi profilaksis malaria, jika terjadi gejala neurologis, mefloquine harus dihentikan dan diganti dengan obat lain.

Apabila muncul gejala psikiatri, seperti kecemasan dan depresi, pada penggunaan mefloquine sebagai profilaksis, maka mefloquine harus segera dihentikan dan diganti dengan obat profilaksis lain.[4,7,10,13]