Pewarnaan Gram tidak memiliki kontraindikasi spesifik. Kontraindikasi pada pewarnaan Gram lebih berhubungan dengan prosedur pengambilan sampel.

Sebagai contoh, pada pengambilan sampel menggunakan bronkoskopi, perlu diperhatikan kontraindikasi seperti hipoksia berat, ketidakstabilan hemodinamik, riwayat infark miokard, gangguan perdarahan berat, dan pasien yang tidak kooperatif.[6] Kontraindikasi pengambilan sampel dengan pungsi lumbal mencakup risiko herniasi akibat space occupying lesion, peningkatan tekanan intrakranial, malformasi Arnold-Chiari, risiko perdarahan, gangguan vertebra kongenital, gangguan kesadaran, defisit neurologis fokal, kejang yang baru terjadi, papilledema, dan adanya infeksi lokal pada kulit di lokasi pungsi.[7]