Pada dasarnya tidak ditemukan kontraindikasi absolut pada pemeriksaan refleks fisiologis.

Namun, kontraindikasi relatif untuk pemeriksaan refleks fisiologis yaitu kondisi-kondisi yang dapat berdampak pada pasien, seperti adanya luka atau cedera pada area yang akan dilakukan pemeriksaan refleks yang dapat menimbulkan kesan nyeri pada pasien. Sebagai contoh, kontraindikasi pada pemeriksaan refleks Achilles adalah adanya luka terbuka pada area tersebut, maupun adanya nyeri berat akibat kondisi medis tertentu seperti arthritis, dan riwayat trauma akut (seperti pada fraktur radius distal) maupun pada pasien yang tidak dapat merelaks kan ototnya karena kondisi medis tertentu (cedera medula spinalis).[11]

Secara umum pemeriksaan refleks fisiologis merupakan bagian dari pemeriksaan fisik yang umum dilakukan sehingga relatif aman dan tidak membutuhkan tindakan pencegahan tertentu.[12,13]