Kontraindikasi absolut dari transplantasi kornea adalah pasien dengan visus tanpa persepsi cahaya atau buta total,  dengan kondisi tanpa gejala nyeri. Karena dengan prosedur ini tidak akan memiliki manfaat, baik untuk perbaikan fungsi maupun struktural dari kornea itu sendiri.[3,6]

Kontraindikasi relatif dari transplantasi kornea adalah:

• Pasien yang diperkirakan memiliki prognosis fungsi tajam penglihatan/visus yang sangat buruk
• Pasien yang memiliki kondisi abnormalitas pada struktur kornea dan okular yang diprediksi memiliki angka kegagalan prosedur transplantasi yang tinggi[3,6]