Patofisiologi karsinoma nasofaring diduga berhubungan erat dengan infeksi Epstein-Barr Virus (EBV). Meskipun demikian, mekanisme pasti terjadinya masih belum diketahui secara pasti.

Infeksi EBV primer biasanya terjadi pada masa anak-anak awal yang bersifat asimptomatik dan dapat menyebabkan virus persisten dalam jangka waktu lama. EBV memiliki ikatan kuat dengan limfosit manusia dan pada epitelium saluran pernapasan atas. EBV pada awalnya akan menginfeksi limfosit B yang tidak aktif dan menyebabkan infeksi laten. EBV kemudian berproliferasi dan bertumbuh pada sel B tersebut. Secara in vitro, EBV akan tinggal di limfosit B dan melakukan transformasi sehingga membentuk sel limfoblastoid, suatu proses terjadinya transformasi ke arah kanker. [2]

Infeksi EBV laten dipercayai terlibat dalam tumorgenesis. Pada sel-sel yang terinfeksi EBV terdapat ekspresi gen EBV, seperti EBER, EBNA1, LMP1, LMP2, dan EBV-encoded miRNAs yang terlibat dalam berkembangnya tumorgenesis. Infeksi laten dari EBV dapat menyebabkan perubahan epigenetik pada genom sel host dan menyebabkan berkembangnya tumor.