Patofisiologi klamidia, yang secara medis dikenal sebagai klamidiasis, pada fase awal akan akan memasuki sel dan membentuk badan inklusi yang menjadi badan dasar dari perkembangan organisme ini. Setelah proses maturasi berjalan sempurna, sel-sel tersebut akan ruptur dalam 2-3 hari, dan kemudian masuk ke dalam sel-sel lain untuk melanjutkan proses replikasi. Akibat dari siklus kehidupan organisme ini, Chlamydia trachomatis, tidak dapat dikultur pada media artifisial.

Infeksi C. trachomatis pada sel epitel menyebabkan respon awal berupa infiltrasi neutrofil, yang diikuti dengan invasi limfosit, makrofag, sel-sel plasma dan eosinofil.

Masa inkubasi dari infeksi klamidia umumnya berkisar antara 7-21 hari. Walau infeksi tersering terjadi pada traktus genitalia, infeksi ekstragenital juga dapat terjadi. Infeksi pada umumnya akan menyebabkan inflamasi pada uretra (pria) atau serviks (wanita). Sekitar 50% pria yang terinfeksi dan 80% wanita yang terinfeksi tidak menyadarinya karena asimtomatik.[8,9]