Analisis filogenetika menemukan bahwa genom virus chikungunya tetap stabil selama bertahun-tahun sejak pertama kali ditemukan pada tahun 1952. Perbandingan antara dua jenis strain virus chikungunya Asia  yang diisolasi selama 10 tahun menunjukkan 99,4% kesamaan identitas. Kebanyakan strain awal yang diisolasi dari wabah yang terjadi di Reunion Island mirip dengan kluster afrika timur-tengah-selatan. Strain yang diisolasi dari wabah tahun 2006-2007 menunjukkan mutasi alanin-valin pada posisi 226 di glikoprotein E1. Terdapatnya alanin menunjukkan pertumbuhan dan replikasi yang dependen kolesterol dari virus chikungunya pada beberapa spesies Aedes.

Temuan ini menimbulkan ketertarikan banyak peneliti dimana replikasi dan pertumbuhan virus chikungunya dapat terjadi secara independen dari kolesterol. Temuan ini didapat pada Aedes albopictus. Mutasi ini membuat virus ini menjadi kuat dan dapat menginfeksi nyamuk lain yang secara umum memiliki kandungan kolesterol yang lebih sedikit. Virus chikungunya tidak hanya terbatas pada daerah tropis tetapi juga dapat ditemukan pada daerah beriklim sedang (Amerika, Eropa, China dan Jepang) dimana Aedes albopictus banyak ditemukan dan Aedes aegypti jarang ditemukan.). [1]