Patofisiologi abses perianal diawali dengan infeksi pada kelenjar kriptoglandular yang terjadi pada 90% kasus. Infeksi terjadi pada bagian posterior dan pada ruang intersfingter yang dipenuhi kelenjar-kelenjar anal. Infeksi akan menyebabkan inflamasi dan penumpukan cairan sehingga menimbulkan abses.

Abses terbentuk akibat kelenjar yang seharusnya mampu melakukan drainase melalui kripta-kripta anal menjadi tidak terdrainase akibat adanya infeksi. Pada kondisi normal, kelenjar anal terdrainase menuju duktus-duktus yang terdapat pada sfingter internum anal dan berlanjut ke kripta-kripta sepanjang linea dentata.

Abses yang terbentuk dapat meluas hingga melewati sfingter anal eksternum, atau disebut sebagai abses isiorektal. Abses juga dapat menyebar secara lateral kedua sisi perianal, menyebabkan abses yang berbentuk seperti sepatu kuda atau “horseshoe”. [2,3]