Pengawasan klinis vitamin B6 diperlukan pada penggunaan dosis besar dan jangka panjang. Hal ini dapat menyebabkan neuropati dan ketergantungan obat.

Defisiensi vitamin B6 merupakan suatu kelainan yang jarang ditemukan. Risiko defisiensi meningkat pada pasien dengan alcohol use disorder, obesitas, dan sindrom malabsorpsi. Apabila didapati defisiensi vitamin B6 umumnya gejala yang sering dialami adalah inflamasi pada rongga mulut, gangguan mood, dan juga gangguan sistem saraf seperti neuropati dan kejang.

Reaksi anafilaksis dapat terjadi pada pemberian parenteral. Risiko efek samping kejang meningkat pada pemberian parenteral pada neonatus.[1,5,9]