Secara umum, pengawasan klinis pada pemakaian cyproheptadine dengan indikasi dan dosis yang adekuat tidak diperlukan. Pada penggunaan jangka lama atau pasien yang memiliki risiko, misalnya penggunaan pada ibu hamill, pasien gangguan ginjal, atau disfungsi hepar, pengawasan klinis terkait risiko efek samping diperlukan.

Penggunaan yang tidak sesuai dosis dan indikasi dapat menyebabkan overdosis. Kasus overdosis cyproheptadine memiliki gambaran klinis yang bervariasi, mulai dari gejala gastrointestinal, depresi sistem saraf pusat, hingga timbul gejala seperti pada pemakaian atropine (mulut kering, pupil dilatasi, dan flushing).

Efek antikolinergik seperti diare, urinasi, miosis, bronchorrhea, bradikardia, emesis, lakrimasi, salivasi, atau berkeringat, juga bisa muncul.[2,9,15]