Kontraindikasi swab tenggorok adalah pada pasien dengan epiglotitis. Hal ini karena pengambilan sampel pada pasien dengan epiglotitis dapat menyebabkan obstruksi pernapasan akut yang membahayakan nyawa.

Secara umum, swab tenggorok adalah tindakan yang minimal invasif, sehingga cukup aman bila dilakukan sesuai prosedur. Perlu diingat bahwa dalam kondisi gawat darurat, pengambilan swab tenggorok tidak boleh menunda tata laksana pasien.[9]