Kontraindikasi swab tenggorok adalah pada pasien dengan epiglotitis akut. Secara umum, swab tenggorok adalah tindakan yang minimal invasif, sehingga cukup aman bila dilakukan sesuai prosedur.

Karena pengambilan sampel pada pasien dengan epiglotitis akut dapat menyebabkan obstruksi pernapasan akut yang membahayakan nyawa, tindakan swab tenggorok sebaiknya ditunda hingga pasien telah sembuh. Perlu diingat bahwa dalam kondisi gawat darurat, pengambilan swab tenggorok tidak boleh menunda tata laksana pasien.[9]