Komplikasi pemeriksaan USG transvaginal umumnya tidak memiliki efek samping selama tepat indikasi. Pada beberapa pasien, pemeriksaan USG transvaginal mungkin akan terasa tidak nyaman dan memicu sedikit vaginal discharge akibat penggunaan gel lubrikan. Namun kondisi ini akan berhenti kurang dari 24 jam.[1,3]

Komplikasi kontaminasi silang antar pasien dapat dicegah dengan cara tranduser ditutup dengan penutup seperti kondom lateks sekali pakai, dan direndam dalam cairan desinfektan setiap selesai digunakan. Untuk sterilisasi transduser harus mengikuti pedoman dari produsen USG transvaginal. Sedangkan komplikasi rasa tidak nyaman dapat dicegah dengan meminta pasien rileks.[1,4]