Tidak terdapat kontraindikasi USG transvaginal karena pemeriksaan ini bersifat noninvasif dan tidak menggunakan radiasi ionizing, sehingga relatif aman dilakukan. Namun, pemeriksaan ini tidak dapat dilakukan bila tidak terdapat persetujuan pasien (informed consent), terdapat obstruksi vagina, atau pada kasus ketuban pecah dini.[1,2]

Sementara itu, penggunaan gel pada transduser ultrasound sendiri dilaporkan memiliki efek negatif pada motilitas sperma dalam beberapa penelitian. Sehingga jika akan dilakukan pemeriksaan kesuburan dan persiapan kehamilan, sebaiknya gel digantikan dengan gliserin atau normal saline sebagai pelumas terutama pada periode pra-ovulasi. Kondom yang dilapisi dengan bahan kimia spermisida juga tidak boleh digunakan sebagai penutup transduser pada pasien yang sedang program hamil.[1,5]