Kontraindikasi absolut episiotomi adalah jika pasien menolak untuk dilakukan tindakan. Sementara itu, kontraindikasi relatif episiotomi adalah inflammatory bowel disease dan malformasi perineum berat. Episiotomi juga tidak boleh dilakukan bersama prosedur persalinan pervaginam operatif seperti forceps atau vakum karena meningkatkan risiko laserasi perineum.

Episiotomi tidak boleh dilakukan bila persalinan pervaginam dianggap tidak mungkin. Sebuah penelitian kohort retrospektif juga menunjukkan bahwa episiotomi pada wanita multipara dapat meningkatkan risiko terjadinya ruptur perineum derajat 3–4. American College of Obstetricians and Gynaecologists merekomendasikan untuk tidak melakukan episiotomi secara rutin dan hanya melakukannya secara selektif.[3,4,9]