Tidak ada kontraindikasi spesifik untuk pemeriksaan refleks primitif. Namun, pemeriksaan Babinski tidak dilakukan bila terdapat lesi pada bagian tarsal.[5]

Perlu diperhatikan bahwa pemeriksaan refleks primitif sebaiknya ditunda jika terdapat keadaan yang lebih mendesak atau mengancam nyawa. Pemeriksaan juga perlu berhati-hati bila terdapat lesi aktif pada area pemeriksaan.