Kontraindikasi pemeriksaan fungsi luhur, secara umum, tidak ada yang patut diperhatikan. Pemeriksaan ini tergolong aman dan tidak berpotensi memicu atau menimbulkan keluhan fisik.[10,11]

Pemeriksaan fungsi luhur hanya bisa dilakukan pada pasien dengan tingkat kesadaran dan kerja sama tertentu. Penilaian fungsi luhur akan lebih sulit dilakukan pada pasien yang memiliki hambatan menyelesaikan tugas serta pertanyaan-pertanyaan dalam tes, contohnya pasien yang mengalami afasia dan gangguan motorik pasca stroke. Pemeriksaan fungsi luhur juga tidak disarankan dilakukan pada masa-masa awal pemulihan pasien dengan cedera otak traumatik berat. Kemungkinan adanya amnesia pasca traumatik cukup tinggi sehingga akan mengaburkan hasil penilaian. Waktu yang diperkirakan baik minimal 6 bulan pasca kejadian.[10,11]