Secara umum, kolonoskopi kontraindikasi jika risiko tindakan melebihi manfaat yang didapat, pasien tidak menyetujui tindakan dilakukan, pasien dicurigai atau diketahui mengalami perforasi usus, adanya divertikulitis akut, dan kolitis fulminan.[10]

Kontraindikasi Absolut

Kontraindikasi absolut untuk kolonoskopi termasuk penolakan pasien, infark miokard baru-baru ini, ketidakstabilan hemodinamik, peritonitis, riwayat operasi anastomosis kolon, atau cedera pada usus. Secara umum, pasien harus menunggu setidaknya 6 minggu dari kejadian akut sebelum melakukan kolonoskopi.[9,11]