Patofisiologi keratosis seboroik berkaitan erat dengan kaskade reseptor tirosin kinase/fosfatidil inositol 3-kinase/Akt signalling. Perjalanan penyakit diawali oleh proses penuaan sel akibat paparan radiasi, terutama karena sinar ultraviolet (UV). Paparan sinar UV yang terus menerus akan menyebabkan penumpukan substansi oksidatif dan kerusakan DNA yang ireversibel. Kondisi ini juga diperparah oleh defisiensi ceramide, suatu lipid endogen kulit, yang berkurang seiring usia.

Mutasi gen memegang peranan penting dalam perjalanan penyakit keratosis seboroik, terutama gen FGFR3 dan subunit katalitik p110 fosfatidil inositol 3-kinase (PI3K). Mutasi pada gen tersebut akan meningkatkan aktivasi Akt kinase yang menyebabkan blokade jalur p53 dan kaskade proapoptosis. Teori ini ditunjang oleh hasil studi yang menemukan bahwa keratosis seboroik bersifat hipersensitif terhadap inhibisi Akt. Proses aktivasi Akt kinase juga diatenuasi oleh berkurangnya ceramide yang berfungsi sebagai inhibitor. Blokade jalur p3 dan kaskade proapoptosis akan mencegah sel keratosis seboroik mengalami kematian sel. [4,8]

Prekursor protein amyloid (amyloid protein precursor / APP) yang terdapat pada kulit juga memiliki korelasi penting dalam pembentukan lesi keratosis seboroik. APP lebih banyak ditemukan pada lokasi kulit yang terpapar sinar UV dan usia lanjut, terutama di epidermis. APP juga berperan terhadap penyakit lain seperti Alzheimer. [3]