Patofisiologi terbentuknya abses apendiks dimulai dari appendicitis. Appendicitis sendiri disebabkan adanya obstruksi pada lumen apendiks. Obstruksi tersebut menyebabkan peningkatan tekanan di dalam lumen apendiks. Jika obstruksi apendiks berlanjut, tekanan intraluminal akhirnya meningkat melampaui tekanan vena appendikularis, menyebabkan obstruksi aliran darah vena. Sebagai akibatnya, iskemia dinding apendiks terjadi, mengakibatkan hilangnya integritas epitel dan memungkinkan invasi bakteri pada dinding apendiks. Dalam beberapa jam, kondisi terlokalisasi ini dapat memburuk karena trombosis arteri dan vena appendikularis, yang menyebabkan perforasi dan gangren pada apendiks. [2]

Abses apendiks sendiri merupakan suatu abses intraabdominal, yang merupakan kumpulan nanah lokal terbatas pada rongga peritoneum oleh penghalang inflamasi. Penghalang ini dapat mencakup omentum, adhesi inflamasi, atau viscera yang berdekatan. Abses biasanya mengandung campuran bakteri aerob dan anaerob dari saluran pencernaan. [3]

Bakteri di rongga peritoneum, khususnya yang timbul dari kolon dan apendiks, merangsang masuknya sel-sel inflamasi akut. Omentum dan viscera cenderung melokalisasi tempat infeksi, menghasilkan flegmon. Hipoksia di daerah flegmon ini memfasilitasi pertumbuhan bakteri anaerob dan merusak aktivitas bakterisida granulosit. Aktivitas fagositik sel-sel ini menurunkan debris seluler dan bakteri, menciptakan lingkungan hipertonik yang memperluas dan memperbesar rongga abses sebagai respons terhadap kekuatan osmotik. [3]