Kontraindikasi dari tes narkoba adalah jika pasien tidak setuju untuk menjalankan kan tes tersebut. Selain itu, tes ini harus ada indikasi untuk dilaksanakan and mempunyai dasar hukum yang kuat.[1]

Beberapa masalah etis bisa terjadi ketika pasien tidak menginginkan hasilnya dipublikasikan atau tidak adanya indikasi klinis, misalnya ketika penegak hukum meminta tes dilakukan pada tahanan tanpa indikasi medis yang jelas atau melakukan suatu pemeriksaan zat adiksi involunter ketika tidak ada basis hukum yang mendukung.

Peran klinisi pada kasus ini adalah tetap berfokus pada pasien dan bukan penegakan hukum. Pada kasus anak dan remaja, tes narkoba umumnya dilakukan dengan persetujuan antara anak dan penanggung jawab. Tes narkoba  tidak disarankan untuk dilakukan pada anak yang tidak menyetujui tindakan tersebut dan tidak ada indikasi medis yang jelas.[1,11]