Kontraindikasi pemasangan implan KB yang utama adalah kehamilan. Sebelum dokter memberikan implan KB pada pasien, dokter harus menyingkirkan kemungkinan bahwa pasien sedang hamil. Dokter dapat melakukan hal ini dengan anamnesis yang terarah dan melakukan tes kehamilan menggunakan urine.[3-5]

Implan KB mengandung progestin seperti etonogestrel atau levonorgestrel. Beberapa contoh kontraindikasi yang lain adalah gangguan hati yang serius seperti sirosis berat atau neoplasma hepar, riwayat kanker payudara, dan perdarahan pervaginam abnormal yang tidak terdiagnosis. Alergi atau hipersensitivitas terhadap materi implan KB juga merupakan kontraindikasi.[3]