Pemeriksaan nervus kranialis atau pemeriksaan saraf kranial umumnya tidak memiliki kontraindikasi karena sifatnya aman dan tekniknya mudah dilakukan. Akan tetapi, pemeriksaan refleks oculocephalic, fungsi vestibulo-okular, dan fungsi nervus XI yang melibatkan mobilisasi leher dikontraindikasikan untuk pasien cedera servikal.

Pemeriksaan nervus kranialis juga membutuhkan kooperasi yang baik dari pasien. Oleh karena itu, pasien yang tidak kooperatif atau pasien yang tidak bisa mengikuti instruksi umumnya tidak dapat menjalani pemeriksaan. Pemeriksaan ini idealnya dilakukan pada pasien dengan kondisi sadar (Glasgow Coma Scale 15), tetapi beberapa pemeriksaan masih dapat dilakukan pada pasien dengan penurunan kesadaran.[1,3]