Komplikasi pemeriksaan fisik abdomen jarang terjadi. Namun, pada keadaan seperti akut abdomen (appendicitis, ulkus peptikum, tifoid) nyeri dan rasa tidak nyaman pada abdomen akan bertambah dengan manuver pemeriksaan fisik yang dilakukan, misalnya dengan palpasi atau perkusi.

Perlu disampaikan kepada pasien bahwa pemeriksaan abdomen tidak akan memperberat penyakit pasien, sehingga pasien juga dapat merasa tenang selama pemeriksaan dilakukan.