Patofisiologi trachoma adalah terjadinya infeksi pada konjungtiva oleh Chlamydia trachomatis serovar A, B, Ba, dan C. Infeksi organisme tersebut pada konjungtiva melalui invasi intraseluler menyebabkan inflamasi yang berperan sebagai jalur patofisiologi utama terjadinya komplikasi.

Pada tahap awal, respon inflamasi akan didominasi oleh infiltrasi leukosit polimorfonuklear, maktofag, sel plasma, sel B dan T yang membentuk pusat germinal dan tampak secara klinis sebagai folikel, serta menginduksi infiltrat dengan gambaran papil. Pada kondisi yang lebih berat, papil mengalami hipertrofi dan menyumbat vasa profunda pars tarsalis dengan tampakan klinis pannus pada regio superior kornea.

Proses peradangan yang progresif dan rekuren dapat menyebabkan kondisi peradangan lama yang menyebabkan skar pada konjungtiva disertai dengan atrofi epitel konjungtiva, berkurangnya sel goblet, dan stroma vaskular subepitel yang tergantikan dengan kolagen tipe IV dan V yang tampak sebagai depresi berupa Herbert's pit. Bila tidak mendapat terapi adekuat, akan terjadi kontraksi pars tarsalis kelopak mata atas yang memicu komplikasi berupa entropion dan trikiasis.[9,10]