Beberapa kontraindikasi dan peringatan harus diperhatikan pada penggunaan acetylcysteine. Acetylcysteine tidak boleh digunakan pada pasien yang memiliki hipersensitivitas terhadap obat atau komponen obat tersebut serta yang pernah mengalami reaksi anafilaktoid pada pemberian obat sebelumnya.[6]

Pemberian Acetylcysteine sebaiknya dilakukan secara hati-hati kepada pasien yang memiliki riwayat asma dan bronkospasme serta pasien dengan riwayat penyakit tukak lambung. Pemberian Acetylcysteine sebagai mukolitik untuk pertama kali, terutama pada pemberian secara inhalasi, dapat mencairkan secret bronchial dan meningkatkan volumenya. Bila pasien tidak dapat mengeluarkan sekret tersebut dengan baik, sebaiknya posisikan pasien dengan berdiri atau duduk tegak, atau gunakan selang pengisap (bronchosuction) untuk mengisap lendir tersebut sehingga dapat mengurangi risiko retensi sputum.[9]

Untuk ibu hamil dan menyusui sebaiknya obat diberikan dengan pengawasan dokter. Obat Acetylcysteine dapat menyebabkan kantuk pada sebagian orang, selain itu penggunaan obat Acetylcysteine untuk mata dapat menyebabkan pandangan kabur, sehingga disarankan untuk menghindari mengemudi atau mengoperasikan mesin berat. Untuk tetes mata sebaiknya tidak digunakan saat menggunakan lensa kontak.[1]