Pengawasan klinis natamisin sangat diperlukan untuk mengetahui perbaikan ulserasi kornea, pemantauan ketajaman visual, dan perkembangan terapi yang diberikan.

Natamisin hanya diberikan untuk penggunaan topikal. Kegagalan terapi pada kasus keratitis di mana tidak terdapat perbaikan selama 7-10 hari menunjukkan infeksi yang disebabkan oleh mikroorganisme tidak sensitif terhadap natamisin, sehingga diperlukan evaluasi ulang secara klinis, pemeriksaan penunjang tambahan, dan pertimbangkan terapi alternatif lain.[3,5,8]