Pengawasan klinis mupirocin diperlukan terkait respon klinis pasien. Obat ini umumnya digunakan selama 10 hari. Jika pasien tidak menunjukan respon klinis setelah penggunaan 3-5 hari, lakukan evaluasi ulang dan curigai adanya resistensi.

Mupirocin umumnya digunakan untuk infeksi kulit, seperti impetigo, dan juga dekolonisasi nasal. Hingga kini memang belum ada bukti ilmiah adekuat terkait keamanan penggunaan pada ibu hamil dan menyusui, namun perlu diketahui bahwa absorpsi sistemik mupirocin cukup minimal.

Efek samping akibat mupirocin cukup jarang terjadi. Efek samping umumnya lokal, misalnya perih dan ruam. Namun, pernah ada laporan efek samping serius berupa anafilaksis, urtikaria, dan angioedema.