Interpretasi Ct Value dalam Pemeriksaan RT-PCR pada COVID-19

Oleh :
dr. Nurul Falah

Pada kasus COVID-19, nilai cycle threshold atau Ct value umumnya dilaporkan juga sebagai bagian dari pemeriksaan RT-PCR. Ct value dilaporkan dapat meningkatkan ketepatan diagnosis, menentukan tingkat infeksius pasien, dan memperkirakan prognosis penyakit.

Kemenkes ft Alodokter Alomedika 650x250

Hingga saat ini, baku emas diagnosis COVID-19 adalah RT-PCR, yang biasanya disertai dengan penjabaran Ct value pada hasil pemeriksaan. Akan tetapi, belum begitu jelas apakah metode semikuantitatif dari Ct value ini dapat menentukan viral load.

Sejumlah studi juga telah menyebutkan bahwa Ct value dari RT-PCR berbanding terbalik dengan kemampuan virus untuk ditransmisikan ke orang lain. Dengan kata lain, semakin tingginya Ct value maka semakin rendah pula kemungkinan virus untuk ditransmisikan.[1,2]

Sementara itu, modalitas untuk memprediksi prognosis dan derajat keparahan pasien COVID-19 masih terus diteliti. Hal ini akan sangat berguna untuk menentukan tata laksana yang tepat pada tiap pasien. Beberapa data menunjukkan bahwa Ct value yang rendah berkaitan dengan luaran yang lebih buruk, sehingga Ct value dinilai dapat memprediksi prognosis pasien COVID-19.[1,2]

shutterstock_1713710026-min

Sekilas Mengenai RT-PCR dan Cycle Thresholds (Ct)

Salah satu metode pemeriksaan untuk mendiagnosis COVID-19 adalah dengan mendeteksi materi genetik dari virus SARS-CoV-2 melalui tes amplifikasi asam nukleat atau nucleic acid amplification testing (NAAT), yaitu RT-PCR. Sasaran deteksi pemeriksaan ini adalah materi genetik virus, yaitu gen E, open reading frame (ORF), RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), gen N, dan gen S.[1-3]

Secara umum, proses amplifikasi pada pemeriksaan RT-PCR akan terjadi berulang-ulang hingga mencapai 40 siklus, dan sinyal fluoresens yang dihasilkan akan berbanding lurus/proporsional terhadap amplifikasi yang terjadi. Pada satu titik, jumlah sinyal fluoresens pada proses amplifikasi tersebut akan mencapai nilai minimal untuk dapat diinterpretasikan sebagai hasil positif. Titik tersebut lah yang dinamakan cycle threshold value.

Ct value merupakan nilai semikuantitatif yang dapat mengklasifikasi konsentrasi materi genetik virus secara luas. Secara teknis, Ct value merupakan jumlah siklus yang terjadi saat grafik fluoresens menembus garis ambang (threshold). Pada spesimen dengan viral load yang tinggi, garis threshold akan lebih cepat ditembus, sehingga Ct value akan lebih kecil, sedangkan pada spesimen dengan viral load yang lebih rendah, Ct value akan lebih tinggi.[1-3]

Interpretasi Ct Value pada Pemeriksaan RT-PCR untuk COVID-19

Interpretasi Ct value pada pemeriksaan RT-PCR untuk COVID-19 digolongkan menjadi nilai yang rendah dan tinggi. Akan tetapi, perlu diingat bahwa Ct value bukan merupakan nilai kuantitatif, melainkan nilai yang berbanding terbalik dengan banyaknya virus pada sampel yang diperiksa.[1,2]

Ct value yang rendah mengindikasikan tingginya konsentrasi materi genetik virus (viral load tinggi) pada spesimen yang umumnya dikaitkan dengan risiko infeksi yang tinggi. Ct value yang tinggi mengindikasikan rendahnya konsentrasi materi genetik virus, yang umumnya dikaitkan dengan risiko infeksi yang rendah (viral load rendah).[1,3]

Peran Nilai Cycle Thresholds sebagai Indikator Prognosis dan Keparahan Penyakit COVID-19

Sejumlah studi melaporkan bahwa Ct value yang rendah berkaitan dengan prognosis yang buruk pada pasien COVID-19. Ct value  yang rendah juga dikaitkan dengan penyakit derajat lebih berat dan mortalitas akibat COVID-19.[1,3]

Suatu tinjauan literatur sistematis oleh Rao et al mencoba menilai utilitas dari Ct value pada pasien COVID-19. Studi ini menggunakan pencarian data di PubMed pada 1 Juni 2020 dengan kata kunci “Ct value OR viral load AND SARS-CoV-2” dan berhasil menyaring 18 studi yang relevan dan sesuai dengan kriteria inklusi.[2]

Ct Value sebagai Indikator Mortalitas COVID-19

Dari studi yang dikaji oleh Rao et al, hanya satu studi yang melaporkan hubungan antara Ct value dan mortalitas pasien COVID-19. Pada 308 pasien dewasa yang dirawat di Cina, didapatkan  bahwa rata-rata Ct value cenderung lebih rendah pada pasien yang meninggal bila dibandingkan dengan pasien yang sudah pulih maupun pasien yang masih dirawat pada akhir studi dilakukan.[2,4]

Ct Value sebagai Indikator Progresivitas Penyakit COVID-19

Satu studi melaporkan bahwa Ct value saat pasien tiba di rumah sakit berkorelasi negatif dengan kemungkinan penyakit menjadi progresif pada 62 pasien yang datang dengan gejala ringan hingga sedang. Ct value yang lebih rendah dijumpai pada spesimen yang berasal dari pasien yang gejalanya memberat saat dirawat dibandingkan dengan spesimen dari pasien dengan gejala yang tidak memberat (24 vs 29;p=0.008).[2,5]

Ct Value sebagai Indikator Keparahan Penyakit COVID-19

Sebanyak 11 studi (dengan jumlah PCR positif berada di rentang 10–308 pasien) melaporkan adanya korelasi antara Ct value dengan keparahan penyakit. Tujuh studi diantaranya melaporkan bahwa Ct value yang rendah berkaitan dengan keparahan penyakit.[2,6]

Tiga studi (dengan jumlah sampel PCR positif berada pada rentang 23–114 pasien) melaporkan korelasi antara viral load yang dinilai berdasarkan Ct value dengan tingkat keparahan penyakit. Satu studi diantaranya (dengan sampel positif dari 96 pasien) melaporkan bahwa viral load yang tinggi berkaitan secara bermakna dengan penyakit yang lebih parah.[2,5]

Di lain sisi, sebuah studi oleh Shi et al yang meneliti pasien pneumonia menunjukkan bahwa rerata viral load tidak berbeda bermakna antara pasien pneumonia, pneumonia berat, dan tanpa pneumonia.

Akan tetapi, dalam dua subgrup yang dianalisis (subgrup wanita dan subgrup dengan C-reactive-protein dan serum amiloid A yang positif), viral load terlihat lebih tinggi secara signifikan pada pasien dengan pneumonia berat dibandingkan dengan pasien tanpa pneumonia.[2,7]

Ct Value sebagai Indikator Kemampuan Transmisi COVID-19

Dua studi meneliti korelasi antara Ct value dengan kemampuan transmisi COVID-19 dan menunjukkan bahwa Ct value yang lebih rendah berkaitan dengan kemungkinan yang lebih tinggi untuk hasil kultur virus yang positif.

Dalam satu studi analisis regresi logistik multivariat yang melibatkan 155 pasien, dilaporkan bahwa pengaruh Ct value signifikan terhadap positifnya hasil kultur virus. Setiap peningkatan satu unit Ct berkaitan dengan menurunnya kemungkinan hasil positif kultur virus hingga 32%. Hasil ini menunjukkan bahwa kemungkinan transmisi dapat berkurang secara signifikan ketika Ct value dari RT-PCR menunjukkan nilai >24.[2,8]

Keterbatasan Cycle Thresholds

Interpretasi Ct value harus dilakukan dengan hati-hati. Permasalahan yang berkaitan dengan alat diagnostik yang berbasis Ct value adalah tidak adanya cut-off yang absolut atau konstan. Masing-masing reagen, bahkan untuk gen yang sama, dapat memiliki nilai cut-off Ct yang berbeda. Contoh nilai cut off dari berbagai vendor alat PCR yang digunakan adalah Ct>30, >35, >40, dan >45.[1,2]

Rentang atau cut-off Ct value untuk hasil positif (+) COVID-19 berada pada ambang yang mendeteksi adanya salinan gen atau protein virus. Jadi, misalnya alat yang digunakan memiliki tolak ukur Ct >35, maka hasil akan dianggap positif COVID-19 jika Ct value ≤35 dan dianggap negatif COVID-19 jika Ct value>35.[2,3]

Ct value tunggal tanpa disertai konteks klinis tidak dapat diandalkan untuk pengambilan keputusan manajemen atau menentukan risiko transmisi penyakit pasien COVID-29. Pada konteks penyakit saluran pernapasan atas, Ct value yang tinggi (viral load rendah) juga mewakili skenario di mana risiko infeksi yang lebih tinggi tetap ada, misalnya pada infeksi akut, pengumpulan sampel dapat tidak adekuat atau sampel dapat terdegradasi.

Ct value dari satu laboratorium tidak dapat secara langsung dibandingkan dengan Ct value dari laboratorium yang berbeda karena perbedaan alat, reagen, dan metode pengujian. Bahkan, suatu laboratorium mungkin menggunakan lebih dari satu alat, reagen, atau metode pengujian. Oleh karena itu, diharapkan pasien hanya melakukan pemeriksaan ulang di laboratorium yang sama untuk menghindari kerancuan interpretasi.[1-3]

Kesimpulan

Pelaporan hasil pemeriksaan SARS-CoV-2 kualitatif RT-PCR dengan hasil positif atau negatif sebenarnya sudah cukup untuk menegakkan diagnosis COVID-19. Namun, sejumlah studi menunjukkan bahwa melampirkan Ct value mungkin dapat bermanfaat bagi dokter dalam membuat keputusan klinis untuk menentukan tata laksana COVID-19.

Secara umum, Ct value merupakan nilai semikuantitatif yang dapat mengklasifikasi konsentrasi materi genetik virus secara luas. Interpretasi Ct value dibedakan menjadi nilai tinggi dan rendah, berdasarkan rentang atau cut-off yang telah ditentukan. Ct value yang rendah dikaitkan dengan risiko infeksi yang  tinggi, sedangkan Ct value yang tinggi dikaitkan dengan risiko infeksi yang rendah.

Sejumlah studi melaporkan bahwa Ct value yang lebih rendah berkaitan dengan prognosis COVID-19 yang lebih buruk. Ct value yang rendah juga dikaitkan dengan peningkatan risiko progresivitas penyakit serta peningkatan mortalitas. Perlu diingat bahwa tiap alat, reagen, dan metode pengujian dapat menghasilkan Ct value yang berbeda-beda. Pada kasus pneumonia, Ct value yang tinggi juga dapat berkaitan dengan risiko infeksi yang lebih tinggi.

Oleh karena itu, utilisasi Ct value tunggal tanpa disertai konteks klinis tidak dapat diandalkan untuk pengambilan keputusan manajemen atau menentukan risiko infeksius seseorang.

Referensi