Komplikasi pemeriksaan fisik hidung biasanya adalah rasa tidak nyaman atau nyeri karena bagian hidung dan tenggorok dimasukkan alat, tetapi hal ini tidak menimbulkan komplikasi yang serius. Nyeri hebat jarang terjadi, kecuali pada kasus seperti adanya luka pada hidung, furunkel vestibulum nasi, atau corpus alienum.

Pemeriksa perlu melakukan pemeriksaan fisik hidung sesuai standar. Selain itu, pemeriksa dapat menjelaskan bahwa rasa tidak nyaman hanya bersifat sementara dan tidak akan memperparah kondisi penyakit yang diderita. Pada beberapa kasus, dapat terjadi respon vasovagal karena spekulum yang dimasukkan.[2,9,11]

Pada pasien anak, dapat terjadi trauma pada hidung jika pasien tiba–tiba bergerak atau tidak kooperatif. Untuk itu, pasien anak perlu didampingi oleh orang tua. Pemeriksa perlu menjelaskan posisi anak dan orang tua selama pemeriksaan dan memberi informed consent.[2,9]