Kontraindikasi prosedur panendoskopi secara umum adalah serupa dengan prosedur endoskopi lain. Kontraindikasi panendoskopi dapat dibagi menjadi kontraindikasi absolut dan kontraindikasi relatif.

Kontraindikasi absolut antara lain pasien dengan kegawatdaruratan seperti syok, infark miokard akut, peritonitis, perforasi akut, dan kolitis fulminan. Kontraindikasi relatif antara lain pasien yang tidak kooperatif atau menolak tindakan, koma kecuali bila terintubasi, dan aritmia jantung atau riwayat iskemia miokard.[9] Panendoskopi juga akan sulit dilakukan pada pasien dengan leher yang tidak bisa diekstensikan. Hal ini dapat terjadi pada pasien dengan arthritis, deformitas, atau pasien dengan kontraindikasi ekstensi leher misalnya pasien dengan segmen servikal yang tidak stabil atau mielopati.[7]