Ventilation/perfusion lung scan (V/Q scan) umumnya tidak menimbulkan komplikasi. Namun, pada beberapa kasus dapat terjadi reaksi alergi terhadap radiotracer atau reaksi lokal pada area injeksi. Pasien mungkin mengalami bengkak atau kemerahan pada lokasi injeksi.

Untuk menghindari komplikasi pada ibu hamil/menyusui akibat paparan radiasi, pengurangan eksposur radiasi dilakukan dengan hanya menjalankan skintigrafi perfusi paru saja tanpa melakukan skintigrafi ventilasi paru.[1,2]