Kontraindikasi barium enema X-ray adalah suspek perforasi usus, megakolon toksik, kolitis aktif, alergi lateks pada alat enema, inflamasi rektum berat, dan perdarahan gastrointestinal akut. Selain itu, meskipun paparan radiasinya relatif rendah, prosedur ini tidak dilakukan pada ibu hamil karena risiko cacat janin.[1,3,4]

Kontraindikasi lain dari pemeriksaan barium enema adalah pneumoperitoneum atau pneumoretroperitoneum yang tidak dapat dijelaskan (unexplained), pasien melawan atau tidak kooperatif, riwayat endoskopi yang baru saja dilakukan, dan riwayat biopsi rektal dalam waktu dekat, terutama biopsi full thickness.[1,3,10]

Pemeriksaan dapat menimbulkan rasa tidak nyaman pada pasien serta membutuhkan kooperasi dan mobilitas yang baik. Oleh karena itu, prosedur ini sebaiknya tidak dilakukan pada pasien geriatri kecuali atas indikasi yang jelas.[3]