Kontraindikasi pemeriksaan kultur sputum adalah pada pasien yang menolak menjalani pemeriksaan. Selain itu, tidak ada kontraindikasi lain, terutama jika metode pengambilan spesimen bersifat non-invasif seperti dengan teknik batuk spontan.

Pada kasus dimana sampel sputum diambil dengan bronkoskopi, kontraindikasi umumnya berkaitan dengan kontraindikasi tindakan bronkoskopi itu sendiri. Bronkoskopi tidak dilakukan jika pasien tidak memberikan informed consent, pasien tidak kooperatif, terdapat riwayat infark miokard dalam beberapa minggu terakhir, gangguan koagulasi berat, hipoksia berat, hemodinamik tidak stabil, atau operator yang tidak berpengalaman.[5,6]