Indikasi pemeriksaan bayi baru lahir adalah sebagai pemeriksaan rutin yang dilakukan pada semua neonatus. Pemeriksaan ini dilakukan pada semua bayi baru lahir tanpa kecuali.

Setiap neonatus membutuhkan pemeriksaan fisik singkat pada menit awal setelah kelahiran, kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan detil dalam 48 jam atau sebelum pulang dari rumah sakit. Pemeriksaan selanjutnya dapat dilakukan setelah 1 minggu, kemudian 6-8 minggu setelah kelahiran. Pemeriksaan bayi baru lahir penting untuk menapis adanya anomali kongenital.

Perlu diingat bahwa pemilihan waktu melakukan pemeriksaan segera setelah bayi lahir dapat bersifat fleksibel dan disesuaikan dengan clinical judgement. Usahakan agar pemeriksaan seefektif mungkin dan tidak menunda inisiasi menyusui dini.[2]