Sebetulnya, tidak ada kontraindikasi khusus untuk pemeriksaan sistem koordinasi. Pemeriksaan ini cukup sederhana dan umumnya aman dilakukan tanpa menyebabkan ketidaknyamanan ataupun cedera pada pasien.

Walaupun demikian, pemeriksaan sistem koordinasi membutuhkan kerja sama pasien dalam melakukan posisi dan gerakan tertentu. Oleh karena itu, pemeriksaan ini tidak disarankan pada pasien yang tidak mampu bekerja sama atau mengikuti instruksi, misalnya jika pasien menolak pemeriksaan, atau pasien dengan gangguan kesadaran.

Pemeriksaan sistem koordinasi juga akan melibatkan berbagai gerakan ekstremitas. Pasien juga akan diminta berdiri dan berjalan. Oleh karena itu, pada pasien dengan gangguan muskuloskeletal yang tidak memungkinkan pasien melakukan manuver pemeriksaan, sebaiknya pemeriksaan sistem koordinasi ditunda. Misalnya pada pasien dengan fraktur leher femur, fraktur radius distal, dan ankle sprain.[5,6]