Kontraindikasi EMG atau electromyography dibedakan menjadi kontraindikasi surface EMG (sEMG) dan needle EMG (nEMG). Kontraindikasi sEMG serupa dengan kontraindikasi pada pemeriksaan elektronik lainnya, yaitu sebaiknya tidak digunakan pada pasien yang menggunakan alat pacu jantung eksternal. Namun, pasien dengan alat pacu jantung internal (implan pacemaker) aman untuk dilakukan pemeriksaan elektronik termasuk EMG.[11,12]

Kontraindikasi nEMG adalah tidak dilakukan pada pasien yang memiliki fobia terhadap jarum. Keberhasilan pemeriksaan EMG bergantung pada kerjasama pasien, sehingga penggunaan jarum pada pasien tersebut dapat menyulitkan proses pemeriksaan. Hingga saat ini tidak ada penelitian yang menyatakan bahwa nEMG mempengaruhi kinerja alat pacu jantung (implan pacemaker).[11,12]